Aπό το 1998 το Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών στεγάζεται στο διατηρητέο κτήριο του ορφανοτροφείου «Μέλισσα» στην οδό Βασιλίσσης Όλγας 36. Το κτήριο κτίστηκε το 1897 ως έπαυλη του Οσμάν Αλή Βέη, Τούρκου εμπόρου, με στοιχεία νεοκλασικά και αναγεννησιακά, σύμφωνα με το εκλεκτικιστικό ρεύμα της εποχής. Το 1908 αγοράστηκε από τον Αθανάς Σοπώφ, εμπορικό ακόλουθο της Βουλγαρίας και στέγασε από το 1909 την Εμπορική Υπηρεσία της Βουλγαρίας και από το 1914 το Γενικό Προξενείο της, ενώ το 1913 είχε φιλοξενηθεί στο κτήριο ο βασιλιάς της Βουλγαρίας Φερδινάνδος Β΄. Το 1915 καταλήφθηκε από τους Γάλλους και μετατράπηκε σε Στρατηγείο τους. Το 1916, τη χρονιά του κινήματος της Θεσσαλονίκης, φιλοξενήθηκαν στο κτήριο οι Βενιζέλος, Δαγκλής και Κουντουριώτης. Μετά την καταστροφή της Σμύρνης το 1922 εγκαθίσταται σε αυτό το ορφανοτροφείο της πόλης. Το ίδρυμα γνωστό με την επωνυμία «Μέλισσα», παρέμεινε στο κτήριο (με μία μικρή διακοπή την περίοδο 1942-1944, όταν το οικοδόμημα καταλήφθηκε από τα στρατεύματα κατοχής), έως το 1977, οπότε ματαφέρθηκε στο Πανόραμα Θεσσαλονίκης. Από τότε το νεοκλασσικό κτήριο της Βασιλίσσης Όλγας, που ήδη από το 1959 αποτελεί ιδοκτησία του ορφανοτροφείου, παρέμεινε ακατοίκητο μέχρι την ενοικίαση και συντήρησή του από το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο και την εγκατάσταση σε αυτό του Κέντρου Βυζαντινών Ερευνών